Anotace:
Východiska: Cílem předkládané studie je získat vhled do patogenéze karcinomu plic (lung cancer – LC) a poskytnout nové biomarkery pro LC, a to vytvořením sítě regulačních cirkulárních (circ) RNA‑micro (mi) RNA‑mRNA. Materiál a metody: Pomocí R programovacího jazyku Limma byla prověřena data o vysokokapacitním (high-throughput) sekvenování circRNAs, miRNAs a mRNAs souvisejících s LC, která byla vzata z databáze Gene Expression Omnibus (GEO) a data o rozdílné expresi circRNAs, miRNAs a mRNAs. K vybudování sítě ceRNA byly použity páry circRNA-miRNA a miRNA-mRNA. Funkce rozdílné exprese circRNAs byly objasněny tak, že byla provedena analýza funkčního obohacení genů pomocí databází GO a KEGG. Vybrané prognostické geny pro LC byly navíc ověřeny v tkáňových čipech a pomocí imunohistochemie (IHC). Výsledky: V LC bylo celkem identifikováno 20 downregulovaných circRNAs, 55 upregulovaných miRNAs a 243 downregulovaných mRNA. Nakonec byla vytvořena síť circRNA-miRNA-mRNA ceRNA, která se skládala ze dvou circRNAs, dvou miRNAs a dvou mRNAs. Jak vyplynulo z analýzy založené na veřejných databázích a IHC, různé geny (tj. FXYD1 a SEMA5A) v této síti fungovaly jako prognostické faktory při LC. Provedením IHC a analýzami přežití bylo potvrzeno, že exprese FXYD1 a SEMA5A při LC byla downregulována a tato exprese odrážela vztah k celkovému přežití pacientů s LC. Závěry: Tato studie představuje nové vhledy do role circRNAs při rozvoji LC skrze mechanizmus ceRNA. Identifikace genů FXYD1 a SEMA5A by mohla fungovat jako nový a nezbytný prognostický ukazatel LC.